卖水果不需要办理食品经营许可证。
水果店只需要营业执照即可，流通许可证、卫生许可证、食品经营许可证都不需要办理。但如果水果店要销售蜜饯、果干等，就需要办理食品经营许可证。但如果要销售蜜饯、果干等，就需要办理食品经营许可证了。
食品经营许可证办理流程：
1、从业人员到当地疾控中心办理健康证；
2、到当地行政服务大厅卫生窗口办理食品卫生许可证；
3、到当地行政服务大厅工商窗口办理个体户工商登记。
综上所述，如果是单纯的没有加工过的水果，是不需要流通许可证的。因为食品安全法规定，销售农产品不需要。
【法律依据】：
《中华人民共和国食品安全法》第三十五条
国家对食品生产经营实行许可制度。从事食品生产、食品销售、餐饮服务，应当依法取得许可。但是，销售食用农产品和仅销售预包装食品的，不需要取得许可。仅销售预包装食品的，应当报所在地县级以上地方食品安全监督管理部门备案。
第三十六条 食品生产加工小作坊和食品摊贩等从事食品生产经营活动，应当符合本法规定的与其生产经营规模、条件相适应的食品安全要求，保证所生产经营的食品卫生、无毒、无害，食品安全监督管理部门应当对其加强监督管理。
县级以上地方应当对食品生产加工小作坊、食品摊贩等进行综合治理，加强服务和统一规划，改善其生产经营环境，鼓励和支持其改进生产经营条件，进入集中交易市场、店铺等固定场所经营，或者在指定的临时经营区域、时段经营。
食品生产加工小作坊和食品摊贩等的具体管理办法由省、自治区、直辖市制定。
