企业有残疾人，可以申请免税，按照人头免税。
1、首先，企业支付给残疾员工的工资可以从所得税中予以扣除，并且可以100%加计扣除，
2、、营业税：对安置残疾人的单位，实行由税务机关按单位实际安置残疾人的人数，限额即征即退的办法。实际安置的每位残疾人每年可退还的或减征的营业税的具体限额，由县级以上税务机关根据单位所在区县(含县级市)适用的经省级批准的最低工资标准的6倍确定，但最高不得超过每人每年3.5万元。
3、最后，雇佣残疾员工达到规定比例，可以免缴残疾人就业保障金。各地还有一些富有地方特色的优惠，各企业还需具体和地方残联或地税咨询。
法律依据：《中华人民共和国营业税暂行条例》第 下列项目免征营业税：
（一）托儿所、幼儿园、养老院、残疾人福利机构提供的育养服务，婚姻介绍，殡葬服务；
（二）残疾人员个人提供的劳务；
（三）医院、诊所和其他医疗机构提供的医疗服务；
（四）学校和其他教育机构提供的教育劳务，学生勤工俭学提供的劳务；
（五）农业机耕、排灌、病虫害防治、植物保护、农牧保险以及相关技术培训业务，家禽、牲畜、水生动物的配种和疾病防治；
（六）纪念馆、博物馆、文化馆、文物保护单位管理机构、美术馆、展览馆、书画院、图书馆举办文化活动的门票收入，宗教场所举办文化、宗教活动的门票收入；
（七）境内保险机构为出口货物提供的保险产品。
除前款规定外，营业税的免税、减税项目由规定。任何地区、部门均不得规定免税、减税项目。
