可以。
员工自动离职是指员工没有按照法律规定提前通知单位自行离开单位，那么单位是可以以此辞退员工，并且扣除员工部分奖励性待遇作为处罚，但是员工工资还是需要支付，需要员工在单位办理离职手续之后单位支付员工工资。如果单位拒绝支付是可以申请劳动仲裁进行维权的。或者先向劳动监察大队投诉。
一、哪些情况下用人单位可以解除劳动合同呢
依据《劳动合同法》
第三十九条劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。
二、对自动离职怎么认定和处理
用人单位以暴力、威胁或者非法人身自由的手段强迫劳动者劳动，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的情形下，劳动者自动离职的行为属依据《劳动合同法》第三十第二款的规定解除劳动关系，可以依照《劳动合同法》第四十六条要求用人单位支付经济补偿。
劳动者在自动离职时，未提出解除劳动合同系基于《劳动合同法》第三十第一款规定的情形，其自动离职的行为应当推定为因个人原因离职。单方解除劳动合同后，劳动者要求用人单位支付经济补偿金的请求不能得到支持。
劳动合同纠纷中最主要的争议在于按自动离职处理引发的争议，即用人单位对未按规定履行请假手续而擅自离岗且无正当理由的劳动者，依据本单位劳动规章制度单方解除劳动合同引发的争议。
